岐阜市科学館の利用において最大のボトルネックとなるのが、駐車場の満車問題です。敷地内および隣接する八ツ草公園と共用の駐車場は約100台分確保されており、完全無料で利用できます。しかし、天候が崩れた週末や、夏休み・春休みの企画展開催期間中には、午前11時前後に満車となるケースが多発します。
混雑を完全に回避するための黄金ルールは、以下の2つの時間帯を狙うことです。
第一の狙い目は開館直後の9:30〜10:00です。この時間帯に入館すれば、駐車場を確実に確保できるだけでなく、展示室をほぼ貸し切り状態でゆったりと体験できます。プラネタリウムの午前投映枠の座席も余裕を持って指定可能です。
第二の狙い目は午後の14:30以降です。午前中から来館していたファミリー層が退館し始めるため、駐車場の回転が始まり、展示室内の混雑も急速に緩和されます。夕方のプラネタリウム最終枠に向けて落ち着いた時間を過ごしたいカップルや大人層には、この時間帯の入館が最も推奨されます。
公共交通機関を利用する場合、JR東海道本線西岐阜駅が最寄り駅となります。西岐阜駅南口から徒歩約15分（平坦な舗装路）でアクセスできるほか、JR岐阜駅または名鉄岐阜駅からは岐阜バス（加野団地線・鏡島市橋線など）を利用し、「科学館前」停留所で下車すれば目の前に到着します。週末のドライブ渋滞を避けたい場合は、西岐阜駅からの徒歩アクセスが極めて合理的です。
