宮崎科学技術館は、交通アクセスの観点において地方都市の文化施設としては極めて稀有な利便性を誇ります。JR日豊本線・宮崎駅の東口から徒歩約2分という立地であり、改札を出て東口広場を進むとすぐに実物大H-IIロケットの先端が視界に飛び込んできます。空港からのアクセスも良好で、宮崎空港駅からJR宮崎駅までは電車で約10分という快適さです。
一方で、自家用車で来館する際に必ず留意すべきなのが駐車場の収容台数と混雑パターンです。科学技術館の専用駐車場（無料）は敷地北側に用意されていますが、駐車可能台数は約40台程度に限られています。
週末や祝日、特に雨の日の午前10時30分〜午後14時前後は、屋外で遊べないファミリー層が集中するため、専用駐車場は満車状態が常態化します。駐車場待ちの列が周辺道路に伸びることもあるため、混雑ピーク時に訪れる場合は、宮崎駅東口周辺のコインパーキング（入庫後24時間上限設定のある有料駐車場など）を最初から視野に入れておくのがスムーズな移動の鉄則です。
