PL学園の歴史を語る上で外せないのが、高校野球界に残した圧倒的な実績です。甲子園での通算成績は春夏通算96勝30敗、優勝回数は春3回・夏4回の計7回を誇ります。1980年代前半、桑田真澄投手と清原和博選手の「KKコンビ」が巻き起こした熱狂は、単なる高校野球の枠を超え、日本社会の社会現象となりました。
桑田・清原両氏以降も、立浪和義氏、片岡篤史氏、宮本慎也氏、松井稼頭央氏、福留孝介氏、前田健太投手など、球史に名を刻むトップアスリートを80名以上輩出しました。この強さを根底で支えていたのが、野球部員全員が共同生活を送る全寮制の「研志寮（けんしりょう）」でした。
研志寮では、上級生と下級生がマンツーマンで生活を共にする「付き人制度」と呼ばれるインフォーマルな掟が存在しました。食事の世話から身の回りの準備まで、過酷な上下関係の中で極限の集中力と協調性を叩き込まれるシステムでした。当時のOBたちの自著や特番インタビューでは、「グラウンドでの練習よりも寮生活の緊張感の方が何倍も過酷だった」「あの極限状態を経験したからこそプロのプレッシャーにも動じなかった」という生々しい告白が残されています。
しかし、この閉鎖的な密室空間は時代の変遷とともに深刻な歪みを生み出しました。昭和から平成にかけて体罰や暴力事件が幾度となく表面化し、日本学生野球憲章に抵触する処分を繰り返すことになります。2001年の暴力事件による甲子園出場辞退、2013年の部内暴力による対外試合禁止処分など、時代のコンプライアンス意識の高まりと寮内の旧態依然とした体質との乖離が決定的となり、2016年夏の大会を最後に野球部は無期限休部へと追い込まれました。
