物語最大の謎である「オヤシロさまの祟り」の正体は、オカルトでも神の怒りでもなく、防衛庁傘下の秘密研究組織を背後に持つ看護師・鷹野三四が仕組んだ極めて人間的な謀略でした。
雛見沢村には太古の昔から「雛見沢症候群」と呼ばれる特殊な風土病が根付いていました。この病気の原因は、村の環境に特有の脳内寄生虫です。感染者は通常、女王感染者である古手神社の神職の血筋（古手梨花）から発せられる微弱なフェロモンによって精神の安定を保っていますが、村から遠く離れたり、強い精神的ストレスや不信感に晒されたりすると、病状が「レベル5（末期）」まで一気に悪化します。
レベル5に達した患者は、極度のパラノイア（偏執病）、幻覚・幻聴に襲われ、交感神経の異常興奮によりリンパ腺に激しい痒みを感じ、自らの手で喉を掻きむしってショック死に至ります。圭一をはじめとする惨劇の当事者たちが凶行に及んだのは、精神の異常ではなく、この寄生虫がもたらす極限の猜疑心と幻覚が原因だったのです。
では、なぜ鷹野三四はこのような惨劇を演出し、最終的に村人全員を虐殺しようとしたのか。その原動力は、敬愛する養祖父・高野一二三の研究を学会に認めさせ、彼を侮辱した学界を見返すという歪んだ執念でした。
高野一二三は「雛見沢症候群」を生物兵器として研究していましたが、学界から狂気のオカルトとして追放され、失意のうちに世を去りました。三四は祖父の論文の正しさを世界に証明するため、政府内のタカ派政治結社「東京」を巻き込み、雛見沢に秘密研究所「入江機関」を設立。特殊工作部隊「山狗」を私兵として掌握します。
三四の計画した最終目的は、「女王感染者である古手梨花を暗殺し、その48時間以内に村人全員が狂気に陥るか否かを検証する」という名目の下、終末作戦「緊急マニュアル第34号」を発動させ、村人約2000名を毒ガスで偽装虐殺することでした。歴史に自らの存在と祖父の学説を神話として刻みつけるためだけに、彼女は過去5年間にわたり綿流しの夜の怪死事件を「祟り」に見せかけて偽装工作し続けていたのです。
