作品内で最も視聴者の好奇心を刺激し続けてきたのが、「秘密のレシピ（Secret Formula）」を巡る謎です。
一部のファンコミュニティでは、「ビキニボトムにおいてカニはカーニ氏しか登場しないため、バーガーのパティには同族の肉が使われているのではないか」というカニバリズム説が長年支持を集めてきました。さらに、店舗の外観が木製の「カニ籠（トラップ）」の形状をしていることも、この疑惑に拍車をかけました。
しかし、公式プロデューサー陣およびヒレンバーグ氏は「カーニバーガーに肉類は一切含まれていない」と明言しています。実際の材料は海洋由来の植物性タンパク質を中心としたものであり、あの病みつきになる味の正体は「徹底した企業秘密による心理的ブランディング効果」と「スポンジ・ボブの完璧な調理技術」によるものと結論づけられています。
また、エピソードの結末で頻繁に街全体が火の海になったり瓦礫の山と化したりするビキニボトム破壊の理由については、クラシックなアメリカン・カートゥーン（『トムとジェリー』や『ルーニー・テューンズ』等）の文脈を忠実に継承したスラップスティック演出です。不可逆な悲劇ではなく、次週には何事もなかったかのように復旧する「コミック・リセット」の手法を用いることで、キャラクターたちは倫理の限界を超えたアナーキーな行動を許されているのです。
