護佐喜御宮は一般的な観光神社とは異なり、現在も神職や管理有志が厳粛に祭祀を執り行っている神聖な空間です。参拝にあたっては、基本的な作法と節度ある立ち振る舞いが強く求められます。
鳥居をくぐる際の一礼はもちろんのこと、参道の中央（正中）を避けて歩き、手水舎で身を清めてから神前に進むのが鉄則です。拝礼作法は伝統的な「二礼二拍手一礼」を基本とし、まずは自らの住所・氏名を心の中で名乗り、日々の感謝を捧げた上で祈念を込めるのが礼儀とされています。
また、参拝の証として関心を集める御朱印の授与については、常設の社務所対応ではない時期がある点に留意が必要です。神職が不在の際は書き置き（和紙に墨書・押印されたもの）が用意されている場合が多く、初穂料は小銭を崩さずお釣りが出ないよう事前に用意しておくのがマナーです。限定の神札やお守りに関しても、転売目的の受取は厳禁とされています。
