一連の騒動を受け、行政側も静観の構えを崩しつつある。文部科学省や所轄庁は、学校法人の経営状況や法規範の順守状況について注視しており、必要に応じた指導や状況確認を行っている。私立学校法の改正に伴い、日本全国の学校法人に対して役員の選任プロセスや理事会の牽制機能を強化することが義務付けられる中、学園の対応は象徴的な事例として扱われている。
過剰な同族経営や特定個人の独断を排し、第三者の目を入れた透明な経営基盤を構築することは、もはや回避できない課題である。寄附金や授業料によって支えられる教育機関が、社会的責任をどのように果たしていくのか。官庁による指導の視線は、学園が提示する再建プランの実効性とそのスピード感に向けられている。