六本木ルーテル教会で毎週行われる主日礼拝（日曜礼拝）は、基本的に毎週日曜日 午前10時30分前後からスタートします。時期やプログラムによって開始時刻が前後する場合があるため、初めて訪れる際は事前に公式案内や教会掲示板を確認しておくとスムーズです。
礼拝の中で特に印象的なのが、堂内に豊かに響き渡るパイプオルガンの生演奏です。ルター派は「音楽の父」と呼ばれるJ.S.バッハを輩出した教派でもあり、賛美歌やオルガン音楽を礼拝の重要な柱と位置付けています。高い天井を持つ礼拝堂に木管と金属管の柔らかな和音が広がる瞬間は、都心にいることを忘れさせるほどの深い静けさと感動をもたらしてくれます。
