同校の教育システム最大の特長は、学年による一斉進級ではなく、必要な単位を積み上げていく単位制を採用している点です。生徒それぞれの希望や生活環境に応じて、無理のない学習スケジュールを組み立てられます。
修業年限は基本的に3年以上で、福井南高校の卒業要件は必履修科目を含む74単位以上の修得と、特別活動への規定時間の参加が柱となります。他校で過去に取得した単位がある場合は、審査を経て算入できる制度も整っています。
設置されている課程の主な特徴は以下の通りです。
- 定時制（昼間部・夜間部）：毎日登校して授業を受けるスタイル。昼間部は朝から昼過ぎにかけて集中的に学び、夜間部は夕方から夜にかけて授業が行われ、日中に仕事やアルバイトを持つ生徒にも配慮されています。
- 通信制：自学自習（レポート作成・提出）と月数回のスクーリング（面接指導）、テスト受験を軸に進める課程。登校日数が限られているため、遠方に住む生徒や自分の時間を最大限に確保したい生徒に適した環境です。
