近年増えている「パートの掛け持ち（ダブルワーク）」を行っているケースでは、年末調整の取り扱いが一段と複雑になります。税法上、年末調整を行えるのは「メインとなる1社（主たる給与の支払いを受ける勤務先）」のみと厳格に定められています。
パート掛け持ちの年末調整手続きと提出先の経緯において、やってはいけない最大のタブーは、2社以上の勤務先に「給与所得者の扶養控除等申告書」を提出してしまうことです。2社で同時に提出すると、基礎控除が二重適用されてしまい、翌年に税務署から「扶養控除の是正通知」が届いて多額の追徴課税と延滞税を支払う羽目になります。
掛け持ちをしている場合の正しい対処法は以下の通りです。
- 収入が多くメインとなっている勤務先（A社）にのみ「扶養控除等申告書」を提出し、年末調整をしてもらう。
- サブの勤務先（B社）には提出せず、高い税率（乙欄）で源泉徴収された給与を受け取る。
- 年明けにA社とB社の両方から源泉徴収票を取り寄せる。
- 2月16日から3月15日の申告期間中に、自分で確定申告を行い、すべての所得を合算して最終精算する。
年末調整と確定申告の違い詳細まとめとして理解すべき本質は、年末調整は「1つの勤務先が本人の代わりに税金を計算・精算してくれる社内手続き」であり、確定申告は「複数の収入や個人的な控除（医療費控除、ふるさと納税など）を自分自身で税務署に申告する公的手続き」であるという点です。掛け持ち先の副収入が年間20万円を超える場合は確定申告が義務付けられますが、20万円以下であっても確定申告を行えば、B社で高めに引かれていた乙欄税額が還付されるケースが多いため、手続きを怠るべきではありません。
