忍術学園の日常は、ある任務を境に凍りついた。一年は組の担任として、やんちゃな生徒たちを時に厳しく、時に優しく導いてきた土井半助の行方不明。このたった一つの事件が、物語をかつてないダークなサスペンスへと変貌させる。
タソガレドキ城の忍び組頭・諸泉尊奈門との決闘後、消息を絶った土井先生。学園に残されたのは、彼の帰りを信じる乱太郎、きり丸、しんべヱたちと、緊迫感を募らせるプロの忍たまたちだった。平穏な学園生活の裏側に潜んでいた「忍びとして生きる者の宿命」が、容赦なく前景化していく。劇場版アニメーションならではの重厚な作劇が、観る者に息を呑む緊張感を強いた。
