屋外の広大な芝生と遊具が注目されがちですが、天候急変時や悪天候時でも充実した時間を過ごせるのが中央管理棟「虹の家」です。びわ湖こどもの国での雨の日の室内遊びは、公立施設とは思えない設備が整っています。
虹の家の内部には、雨天でも体を動かせる屋内クライミング体験（ボルダリングウォール）や、幼児向けのキッズプレイルーム、卓球台（有料）、工作体験コーナーなどが常設されています。乳幼児連れの保護者向けには授乳室やオムツ替えスペース、幼児用トイレが完備されており、急な降雨に見舞われた際にも避難場所として機能します。
一方、初夏から初秋にかけて絶大な人気を誇るのがびわ湖こどもの国の水遊び噴水広場です。安全に配慮された浅い水深の親水スペースでは、ヤシの木を模したシャワーやリズミカルに吹き出す噴水が設置されており、未就学児でも安心して水と触れ合えます。水遊び用のオムツ着用ルールなどを事前に確認した上で、水着やラッシュガード、着替え一式を持参すれば、真夏でも涼しく快適な水遊びレジャーが完結します。
