北海道の鉄路を利用する上で避けて通れないのが、気象条件や野生生物による運行トラブルです。JR北海道が公開する輸送速報や運行データを紐解くと、特急北斗のダイヤ乱れには明確な季節要因と地域特性が存在します。
第一の要因は冬季の降雪・地吹雪および海岸線の強風です。特に長万部〜洞爺間の噴火湾沿いは強風による速度規制や運転見合わせが発生しやすく、札幌近郊の大雪では札幌駅への進入制限による立ち往生が多発します。第二の要因は野生動物（エゾシカ）との接触事故です。山間部を通過する大沼付近や八雲〜長万部間では、線路内へのシカ立ち入りによる急ブレーキや車両点検が日常的に発生し、10〜30分程度の遅延は年間を通じて珍しくありません。
トラブルを回避するためには、乗車当日に「JR北海道 列車運行情報」をこまめにチェックし、後続の予定（飛行機の乗り継ぎや重要な会議など）には最低でも1時間から1時間半以上の余裕を持ったスケジュール設計を行うことが危機管理上の基本となります。
