中村氏が求めたのは、青色LED製造の根幹技術である「404特許（ツーフローMOCVD技術）」の特許権譲渡、および職務発明に対する正当な対価の支払いでした。
2004年1月30日、東京地裁（三村量一裁判長）が下した判決は、日本企業と法曹界を震撼させました。裁判所は、404特許によって日亜化学が得た独占的利益を約1208億円と試算し、中村氏の発明に対する貢献度を50%（約604億円）と認定。中村氏側の請求上限額であった200億円の支払いを日亜化学に命じる全面勝訴判決を言い渡したのです。
この「200億円判決」に対し、日亜化学側は「一技術者の貢献度を過大評価し、組織的な投資や他社員の貢献を無視したもの」として即座に控訴。経団連をはじめとする経済界も「日本の製造業が成り立たなくなる」と猛反発を示しました。
控訴審となった東京高裁では、404特許の実効性や代替技術の存在が厳しく再検証されました。2005年1月11日、裁判所による和解勧告を受け入れ、日亜化学が中村氏に対して遅延損害金を含めた約8億4300万円（実質的な発明対価は約6億円）を支払うことで双方が和解に合意しました。
