高校入学後に設けられている3つの主要コース（選抜特進・特進・進学）は、目指す出口戦略が根本から異なります。とりわけ受験生家庭からの関心が高い報徳学園 選抜特進コース評判は、「私立男子校ならではの手厚い個別演習と予備校いらずのサポート体制」として定評を獲得しています。
報徳学園 大学進学実績を俯瞰すると、京都大学・大阪大学・神戸大学をはじめとする国公立大学へ毎年20〜30名前後が合格を果たし、関西の難関私立大学グループである関関同立（関西大学・関西学院大学・同志社大学・立命館大学）には延べ100名を超える合格者を輩出しています。産近甲龍（京都産業大学・近畿大学・甲南大学・龍谷大学）への合格者数も高水準で安定しており、指定校推薦枠の豊富さは阪神間屈指の充実度を誇ります。
「選抜特進コースは7時間授業に加え、放課後の進学補修や長期休暇中の講習が完全に組み込まれています。クラブ活動の制限があるものの、予備校に通わずに現役で国公立や関関同立に受かる実力をつけさせるという学校側の本気度を感じました」（選抜特進コース卒業生の保護者）
対照的に進学コースでは、全国制覇を狙う強化指定クラブの生徒が多く在籍し、指定校推薦や系列大・提携大への進学、AO・総合型選抜を軸にした進路指導が展開されます。学園内での「棲み分け」が機能している点こそが、進学実績とスポーツ実績の双璧を成り立たせている骨格です。
