捜査当局による内偵が進む中、運命の日は突然訪れました。2016年2月2日夜、警視庁は東京都港区東麻布の自宅マンションに家宅捜索に入り、覚醒剤約0.1グラムを所持していたとして、清原氏を覚醒剤取締法違反（所持）の容疑で現行犯逮捕しました。
捜査員に囲まれて連行される清原氏の姿は、テレビ各局で速報として大々的に報じられ、日本中に激震が走りました。かつてのヒーローがうつろな表情でパトカーに乗せられる映像は、多くのファンや野球関係者に深い絶望感を与えました。
同年5月に東京地裁で開かれた初公判は、傍聴券を求めて数千人が列を作る異常な注目度となりました。法廷に立った清原氏は起訴内容を全面的に認め、声を詰まらせながら謝罪を繰り返しました。この裁判で大きな話題を呼んだのが、親友である元プロ野球選手・佐々木主浩氏の情状証人としての出廷です。佐々木氏は法廷で「親友として、彼が立ち直る姿を生涯見守る」と証言し、深く頭を下げました。
下された判決は懲役2年6月、執行猶予4年（求刑：懲役2年6月）。裁判長から「薬物依存を断ち切る強い意志を持ってほしい」と諭された清原氏は、深く一礼して法廷を後にし、法的な償いと終わりのない治療への第一歩を踏み出しました。
