スポーツ庁および文化庁が推進する「部活動の地域移行」は、全中の参加資格にも歴史的な変化をもたらしました。従来、全中への出場は「学校教育の一環として設置された部活動」に限定されていましたが、2023年度以降、一定の要件を満たした地域クラブ活動（民間クラブ、総合型地域スポーツクラブ等）所属の生徒にも予選会および本大会への出場資格が段階的に付与されています。
この改革により、学校に希望する部活動が存在しない生徒であっても、地域のクラブチームを通じて全国の舞台を目指すルートが開かれました。しかし現場では、以下のような新たな構造的課題も浮き彫りになっています。
特に顕著なのが指導者の資質保証と地域間格差です。大都市圏では専門性の高いコーチ陣を擁する民間クラブが充実している一方、地方都市や過疎地域では受け皿となるクラブそのものが不足しており、「地域移行によって逆にスポーツをする環境が奪われた」という声も少なくありません。また、民間クラブの月謝や遠征費用は家庭の自己負担となるため、経済的な格差が子どもの競技機会を左右する懸念も指摘されています。
