南ぬ島石垣空港に降り立ち、市街地へ向かう旅行者が最初に直面するのが「どのバスに乗るべきか」という選択です。空港から市街地方面へは、主に東運輸の空港線とカリー観光の直行バスという2つの運行会社が存在します。
南ぬ島石垣空港 バス乗り場は、到着ロビーを出てすぐ正面のロータリーに並んでいます。左手（4番乗り場付近）が東運輸、右手（5番乗り場付近）がカリー観光と分かれており、運行ルートと目的地が明確に異なります。
東運輸の系統4・系統10（空港線）は、各バス停を経由しながら最終的に石垣島バスターミナルへと到着します。一方、カリー観光の直行バスは途中の停留所を極力省き、石垣港離島ターミナルへダイレクトに直行する点が最大の特徴です。石垣空港 バスターミナル 運賃 料金は東運輸が片道540円、カリー観光が片道500円（往復割引あり）となっており、市街地ホテル群やバスターミナル周辺へ向かうなら東運輸、竹富島や西表島へのフェリーへ直行するならカリー観光を選ぶのが最も合理的です。
