巣鴨学園の最大の強みとして長年評価されているのが、極めて強固な出口実績です。とりわけ「医学部合格実績」においては、全国の私立中高一貫校の中でもトップクラスの数字を毎年叩き出しています。
学校公式の進路統計および報道各社の取材データによると、国公立大学医学部・私立大学医学部を合わせた医学部医学科の延べ合格者数は、毎年100名〜130名前後に達します。1学年約240名という規模を考慮すると、卒業生の実に約半数に相当する合格数を医学部系統で獲得している計算になります。東京医科歯科大学(現・東京科学大学)、千葉大学、横浜市立大学などの難関国公立医学部から、慶應義塾大学、東京慈恵会医科大学、順天堂大学といった難関私立医学部まで、幅広い進学実績を築いています。
東大合格者数に関しても、毎年二桁(10〜20名前後)の合格者をコンスタントに輩出し、東京工業大学(現・東京科学大学)や一橋大学、京都大学を含む国公立大学全体への合格者数は現役・浪人を合わせて学年の4割以上を占めます。早稲田大学・慶應義塾大学・東京理科大学などの難関私立大学への合格数も極めて豊富です。
理数教育の厚みと、中高一貫で繰り返される小テスト・習熟度別補習体制が、この実績を根底から支えています。学校側がいたずらに塾通いを推奨するのではなく、学校完結型で高い学力を涵養する仕組みが機能しています。