私生活における華麗な女性遍歴も、石田純一のドラマチックな人生を語る上で欠かせない要素です。ブレイク前後の1988年、女優の松原千明さんと結婚。芸能界きってのおしどりカップルとして注目を集め、長女のすみれさんが誕生しました。
その後、1990年代後半には世間を騒然とさせた「不倫は文化」騒動（実際はマスコミの切り取りによる発言でしたが）によって一時的なバッシングを受け、松原さんとは離婚。芸能界でのポジションも一時危ぶまれましたが、持ち前の打たれ強さと誠実な人柄でタレントとして見事に再ブレイクを果たしました。
そして2009年、プロゴルファーの東尾理子さんと再婚。22歳の年の差を乗り越えた結婚劇は大きな話題を呼びました。現在は3人の子供に恵まれ、父親としての責任を果たしながら、飲食店のプロデュースやYouTube活動、地方創生ビジネスなど、枠にとらわれない独自の活動を精力的に展開しています。
