トキ鉄を利用する旅行者が現場で最も直面しやすいトラブルが、「全国相互利用交通系ICカード（Suica・ICOCA等）の利用エリア問題」と「日本海ひすいラインに気動車が走る物理的理由」です。
首都圏や関西圏の感覚で駅に入場しようとすると、自動改札口が存在しない事実に直面します。トキ鉄全線において、JR東日本のSuicaやJR西日本のICOCAといった全国交通系ICカードのタッチ乗車には対応していません（※上越妙高駅の新幹線乗換改札など一部特殊窓口を除く）。乗車前には必ず券売機で紙の乗車券を購入するか、スマートフォン専用のQRコード企画乗車券を事前決済しておく必要があります。ネット上の「新幹線接続駅だからSuicaが使えるだろう」という誤解は、現地でのトラブル要因の筆頭です。
もう一つの疑問が、「かつて特急が走っていた複線電化の旧北陸本線（日本海ひすいライン）で、なぜ1両編成のディーゼル気動車が走っているのか」という点です。その真相は、梶屋敷駅〜糸魚川駅間に存在する交直デッドセクション（無電区間）にあります。JR時代は高価な交直流両用電車を走らせていましたが、第三セクター鉄道が新車として交直流電車を製造・維持するには莫大なコストがかかります。そこでトキ鉄は、電化設備を線路の上層に残したまま、あえてディーゼル気動車（ET122形）を導入することで車両製造費とメンテナンスコストを大幅に削減する経営判断を下しました。鉄道インフラの現実を逆手にとった合理的な選択の象徴といえます。
