世間で最も混同されやすいのが「公安調査庁」と「公安警察」の違いです。両者はどちらも国家の安全を脅かす勢力をマークしていますが、組織の成り立ち、所管官庁、そして行使できる法的権限が根本から異なります。
公安警察は警察庁および各都道府県警察（警視庁公安部など）に所属する警察官であり、刑事訴訟法に基づく強制捜査権（家宅捜索や差押え）および逮捕権を行使して事件を摘発し、刑事罰に問うことを目的としています。
対して公安調査庁は、法務省の外局として設置された情報機関です。最大の特徴は、逮捕権や令状による強制捜査権を一切持たない点にあります。彼らの調査は基本的に「相手方の任意の協力」や公開情報の収集、独自のヒューミント（人的情報収集）によって行われます。
なぜ公安調査庁には逮捕権が与えられていないのか？
逮捕権を持たない理由は、戦前の歴史的経緯と憲法上の要請に深く根ざしています。戦前、特別高等警察（いわゆる特高警察）が強力な捜査権と逮捕権を盾に思想弾圧を行った反省から、戦後の1952年に破壊活動防止法（破防法）が制定された際、「暴力主義的破壊活動を行う団体の規制」を行う機関として公安調査庁が誕生しました。
当時、立法府では「乱用による国民の基本的人権の侵害」を極限まで防ぐため、調査を行う機関（公安調査庁）と、団体の解散指定などを判断・請求する機関（公安審査委員会）、そして刑事摘発を行う機関（警察・検察）を明確に分離する構造を採用しました。つまり、情報の収集・分析機能に特化させ、直接的な実力行使権を持たせないこと自体が、民主主義的な安全装置として設計されたのです。
元調査官の手記や回顧録によると、現場では「警察のように踏み込んで身柄を拘束できないため、対象者と何時間も対話を重ね、心理的距離を縮めて自発的な協力を引き出すしかなかった」という過酷な現場のリアルが語られています。実力行使ができないからこそ、極めて高度な心理戦と交渉術が調査官の武器となっています。
