南海フェリーを利用する最大のメリットの一つが、明石海峡大橋・大鳴門橋経由の高速道路料金やガソリン代と比較した際のコストパフォーマンスです。2026年時点の標準的な旅客運賃は、大人片道2,500円（小児1,250円）となっています。
車両航送運賃には、運転手1名分の旅客運賃（2等）が含まれているため、実質的なコストは非常にリーズナブルです。主な車両・二輪の片道料金目安は以下の通りです。
- 軽自動車（3m以上4m未満）：約10,000円〜11,000円前後
- 普通車（4m以上5m未満）：約13,000円〜14,000円前後
- 自動二輪（750cc以上）：約5,500円前後（旅客運賃込）
- 自動二輪（125cc超〜750cc未満）：約4,500円前後（旅客運賃込）
- 原付・小型二輪（125cc以下）：約3,500円前後（旅客運賃込）
- 自転車：旅客運賃＋約1,000円
徒歩で乗船する旅行者にとって最強の選択肢となるのが、南海電鉄との連絡乗車券「好きっぷ（難波・新今宮・天下茶屋など南海各駅〜徳島港）」です。電車区間の運賃が実質無料に近い破格の片道2,500円均一で販売されており、大阪市内から徳島まで高速バスよりも安く移動できる裏技として絶大な人気を誇ります。
さらにマイカー利用の場合でも、往復割引（復路1割引）やJAF会員割引、インターネット事前予約割引などの各種キャンペーンが用意されているため、賢く適用させるのがポイントです。
