手軽で便利な綿棒ケースの再利用だが、何でも詰め込んでよいわけではない。誤った使い方は衛生トラブルや破損の原因となるため、以下の盲点を把握しておく必要がある。
第一に、「非耐熱プラスチックへの熱湯消毒は厳禁」という点だ。一般的な綿棒ケースの主原料であるポリプロピレン（PP）やポリスチレン（PS）は、耐熱温度が70〜90℃前後のものが多く、熱湯を注ぐと一瞬で変形・白濁する。再利用前の除菌には、熱湯ではなくアルコール除菌シートや薄めた中性洗剤での水洗いを徹底しなければならない。
第二に、「裸の食品や油分の多い調味料の直接投入は避ける」べきである。綿棒容器は食品衛生法に基づく食品専用容器としての認可を受けていない場合がほとんどだ。スパイスや茶葉を入れる際は、必ず個包装されたティーバッグやスティックシュガーの保管に留め、粉末を直に入れる使い方は推奨されない。
