バイキン城に突然やってきては騒動を巻き起こすコキンちゃん。バイキンメカを勝手に乗り回し、ばいきんまんをタジタジにさせる光景はお約束だ。悪知恵で街を困らせるばいきんまんですら、コキンちゃんの青い涙とわがままにはまったく歯が立たない。ドキンちゃん自身も、妹の気まぐれには頭を抱えるばかりだ。
しかし、単なるトラブルメーカーで終わらないのが彼女の深みである。喧嘩ばかりの日常の裏には、ふとした瞬間に覗く温かい絆がある。悪役でありながら人間味あふれるバイキン軍団の喜怒哀楽に、さらに手中におさまらない妹が加わることで、ドタバタ劇の中にどこか微笑ましい家族的なドラマが生まれているのだ。
