三崎〜佐賀関間を最もリーズナブルに航行するための最大の鍵は、公式のWEB予約割引と往復割引条件の正確な組み合わせにあります。窓口での当日現金購入では定価対応となるケースが多い一方、公式インターネット予約サイトを経由するだけで数パーセントのネット割引が適用される仕組みが導入されています。
往復利用を予定している場合、同一区間を所定の有効期間内（一般的に往路乗船日から14日以内など）に往復する条件を満たすことで復路運賃に対する割引措置が受けられます。さらに、同乗者が複数人いる場合は、全員分の乗船予約をWEB上で一括登録しておくことで、現地窓口での手続き時間を大幅に削りつつ最安レートを確実に享受できるのが大きなメリットです。
