ストロー付き水筒に対する最大の懸念は、細長いストロー内部やパッキンの隙間に潜む「目に見えない雑菌・カビ」です。衛生検査機関や家庭用品メーカーの検証データによると、水筒内部の菌繁殖には主に2つの経路が存在します。1つは飲み口からの「唾液の逆流（バックウォッシュ）」、もう1つは「洗浄後の乾燥不足による湿気残留」です。
興味深いことに、開口部に直接口全体をつける「直飲みボトル」と比較した場合、ストロータイプは飲む際に陰圧を利用するため、ボトル本体内への唾液逆流率は約3分の1以下に抑えられるという実験結果が報告されています。つまり、ボトル内の飲料水そのものの汚染スピードは、ストロー付きの方が緩やかであるケースが少なくありません。
しかし問題は、飲み口であるストローの管内部です。内径数ミリのシリコン製ストローは、通常のスポンジ洗いだけでは水流が届かず、内壁に付着した糖分やタンパク質が残留しがちです。室温25℃前後の環境下で水分が残ったまま半日放置されると、わずか24時間で細菌数が数百倍に増殖し、黒カビのバイオフィルムが形成され始めます。「ストロー水筒は不衛生」と言われる真相は、ボトル本体ではなく、細管内部の物理的な洗浄難度に起因しています。
確実なストロー水筒 カビ対策と洗い方としては、日々の流水洗浄に加え、専用の極細ストローブラシによる物理的擦り洗いや、週に1回の酸素系漂白剤（または泡スプレー除菌洗剤）のつけ置きが決定的な防御策となります。また、シリコン素材は経年劣化で微細な亀裂が生じ、そこに菌が定着しやすくなるため、替えストロー パッキン 交換を半年に1回のペースで定期的に行うことが衛生維持の黄金律です。
