いかに強力な単体キャラクターを揃えても、デッキ編成のバランスが崩れていれば高難度ステージで勝利を掴むことはできません。現在のトレンドを踏まえたにゃんこ大戦争の最強編成おすすめセオリーは、「壁4：量産アタッカー2：妨害1：大型殲滅役3」という黄金比です。
具体的な理想デッキの一例としては、下段に守備の要として「ゴムネコ」「大狂乱のゴムネコ」の基本壁を据え、サブ壁兼資金調達役に「ネコカンカン（本能解放済み）」、殲滅役に「飛脚ネコ」を配置。中段以降に妨害と火力支援を兼ねる「黒キャス」や「白フォノウ」、そしてボスの懐に潜り込ませる「鬼にゃんま」やフィニッシャーの「覚醒のネコムート」を組み込みます。
前線を強固な低コスト壁で押し止め、中射程の量産アタッカーで敵の取り巻きを素早く処理し、浮いた資金で超大型アタッカーを着弾させる──このサイクルを淀みなく回せる編成こそが、あらゆる初見ステージに対応できる最強の布陣です。
