乗車時のスムーズな移動と金銭的メリットを左右するのが近鉄バス料金の支払い方法です。運賃箱での現金支払いは現在も可能ですが、千円札以外の高額紙幣（二千円・五千円・一万円札）の両替には対応していません。そのため、現場では全国相互利用が可能な10種類の交通系ICカード（PiTaPa、ICOCA、Suica、PASMOなど）が主流です。
ここで多くの利用者が混同しがちなのが近鉄バスICカード割引の仕組みです。SuicaやICOCAをタッチして乗車しても、運賃そのものが自動的に割り引かれるわけではありません。交通系ICカードの中で唯一、運賃割引の恩恵を直接受けられるのはスルッとKANSAI協議会が発行するポストペイ型カード「PiTaPa」のみです。
近鉄バスにおける近鉄バスPiTaPa登録型割引および利用額割引は、同一月内（1日〜末日）に対象路線を利用した合計請求額に応じて自動計算されます。一般的な「利用額割引」では、月間の利用額が一定水準（例えば3,000円超など）を超えると段階的に割引率が上昇し、使えば使うほど1乗車あたりの単価が引き下がるシステムです。さらに指定区間を登録することで上限額が設定される登録型サービスも存在し、定期券と都度払いの中間的な使い方をする通勤客から高い支持を得ています。
