石黒彩のプライベートを語る上で欠かせないのが、ロックバンドLUNA SEAのドラマーである夫・真矢との関係性です。2000年の結婚以来、四半世紀以上にわたり婚姻関係を継続している二人ですが、かつて話題となったのが「別居婚」という独自の生活形態でした。
仕事部屋や生活リズムの違いを考慮し、あえて別々の居住空間を持つ選択について、当初は一部メディアで不仲説が取り沙汰されたこともありました。しかし、結婚記念日や子供たちの節目のイベントで公開される家族写真やツーショットには、互いへの深い敬意と穏やかな笑顔が溢れています。
石黒彩はかつてのインタビューで「物理的な距離があるからこそ、一緒に過ごす時間を心から大切にできる」と語っています。子供写真に関してはプライバシー保護の観点から成長に伴い顔出しを控える配慮がなされていますが、3人の子供たちが成人を迎えた現在も、家族全体の絆は極めて強固です。