マクラーレン黄金期を語る上で避けて通れないのが、セナとプロストの間で勃発した凄惨なチームメイト間戦争です。二人の確執は、単なるライバル心にとどまらず、ドライビング哲学や人生観の根本的な不一致に起因していました。
決裂の決定打となったのは、1989年のサンマリノGP（イモラ）における「スタート後の第1コーナーを先に抜けた側を優先し、無用なバトルは避ける」という紳士協定の破棄でした。再スタート時にプロストをオーバーテイクしたセナに対し、プロストは「合意を踏みにじられた」と激怒。これに対しセナは「再スタート後のシチュエーションは協定の対象外だった」と主張し、両者の信頼関係は修復不可能なレベルまで崩壊しました。
心理学的な観点から見れば、両者はパーソナリティの完全な対極に位置していました。リスクを精密に計算して確実にポイントを積み上げる「プロフェッサー」プロストに対し、セナは宗教的とも言える情熱で常に限界を超えようとする「求道者」でした。データロガー（テレメトリー）によって互いの走行データが完全に筒抜けになる環境下で、セナの驚異的なコーナリングスピードを目の当たりにしたプロストの焦燥と、チーム内の人心を掌握しようとするプロストの政治力に対するセナの警戒心が、破滅的な衝突を生み出していったのです。
