長きにわたり政権の中枢に身を置いてきたことから、萩生田氏には常に様々な報道やネット上の噂が付きまとってきました。代表的なものが旧統一教会（現・世界平和統一家庭連合）との関係や、政治資金の不記載に関する疑惑です。
旧統一教会関連の報道については、選挙時の集会出席や挨拶などの事実関係が取り沙汰された際、記者会見を通じて「関係団体のイベント出席や挨拶を行った経緯」について事実を認めつつ、教義に賛同した事実や特別な政策的便宜を図ったことはないと明確に否定。今後は一切の関係を断つことを公に宣言しました。
また、政治資金収支報告書の不記載問題に関しては、事務所内の会計実務における管理不足を認め、収支報告書の修正申告と手元資金の適正処理を完了したことを公表。地元支援者へのタウンミーティングや国会での質疑を通じて、自身の言葉で経緯を説明する姿勢を続けています。こうした一連の騒動に対しては厳しい批判が存在する一方で、地元有権者の間では「逃げずに説明責任を果たそうとしている」と評価する声もあり、評価は二分しています。
