一般的に、天草四郎の本名は「益田時貞（ますだときさだ）」とされている。父は小西行長の遺臣であった益田甚兵衛。この血筋から、四郎もまた武士の教育を受けていた可能性が高い。しかし、当時の一次史料を精査すると、「時貞」という表記が同時代の公文書に頻出するわけではないことに気づく。
幕府側の記録や、乱の鎮圧後にまとめられた報告書では、彼は単に「四郎」あるいは「天草四郎」とだけ記されていることが多い。民衆を率いるカリスマとしての記号的な呼び名が先行し、個人の特定を難しくしていたのだ。歴史家たちの間でも、この「時貞」という名が後世に定着したプロセスについて、今なお議論が絶えない。
