消毒効果が非常に高い反面、現場での誤用による救急搬送や物的被害が後を絶ちません。消費者庁や独立行政法人製品評価技術基盤機構（NITE）の事故情報データバンクにも、数多くのトラブル事例が蓄積されています。
1. 空間噴霧・加湿器への投入は絶対に禁止
加湿器や超音波噴霧器に次亜塩素酸ナトリウムを入れて空間に散布する行為は極めて危険です。微小な霧状となった強アルカリ性の塩素液が気道や肺胞の粘膜を直接腐食させ、化学性肺炎や急性呼吸窮迫症候群（ARDS）、不可逆的な視力障害を引き起こす恐れがあります。厚生労働省や世界保健機関（WHO）も「いかなる状況下でも次亜塩素酸ナトリウムの空間噴霧は推奨しない」と明言しています。
2. 手指消毒への直接使用は厳禁
「アルコールがないから」という理由で、希釈液で手を洗ったり皮膚に直接吹きかけるケースが見られますが、強アルカリ成分が皮膚表面の皮脂膜と角質タンパク質を瞬時に融解させます。激しい手荒れ、化学熱傷、接触性皮膚炎を招き、皮膚のバリア機能が破壊されてかえって病原体の侵入を招く結果となります。手指衛生の基本は、石鹸と流水による丁寧な手洗いです。
3. 酸性洗剤との混触による有毒塩素ガス発生
トイレ掃除や浴室清掃において、酸性タイプの洗剤（塩酸含有の尿石除去剤やクエン酸スプレー）と次亜塩素酸ナトリウムが混ざると、瞬時に化学反応を起こして猛毒の塩素ガス（Cl₂）が発生します。吸入すると気管支痙攣や肺水腫を引き起こし、最悪の場合は死に至ります。「まぜるな危険」の警告は極めて現実的な生命危機を示しています。
4. 金属腐食リスクと「必ず水拭きする」ルール
次亜塩素酸ナトリウムは金属に対する腐食性（サビ誘発性）が極めて強い性質を持っています。ステンレスや鉄、アルミ製のドアノブや家具を消毒した場合、そのまま放置すると急速にサビや変色が発生します。消毒液で拭いた後は、約10分程度経過してウイルスが不活化した後、必ず綺麗な水で濡らした雑巾でしっかりと水拭き（薬剤の除去）を行うことが必須作業です。
