藤園中学校の大きな強みの一つが、堅調な進路実績です。熊本県内の公立トップ校である熊本高校や済々黌高校、さらには第一高校、第二高校への進学者を毎年安定して輩出しています。
校区内に大手進学塾や個別指導塾が多数点在していることもあり、早期から高校受験を見据えて計画的に学ぶ生徒が目立ちます。定期テストの難易度や授業の進度も基礎から応用まで幅広くカバーされており、生徒同士が切磋琢磨する雰囲気が自然と醸成されています。
普通科進学校のみならず、熊本工業高校や熊本商業高校といった専門学科、市内外の有名私立高校への特待生合格など、生徒各自の適性や目標に応じた多角的な進路指導が行われています。
