水族館単体のチケット割引にとどまらず、沖縄旅行全体の費用を最適化するうえで外せないのが「観光施設周遊セット券」および「レンタカー提携オプション」です。
主要レンタカー会社（オリックス、タイムズ、OTSなど）では、配車手続きカウンターやWEB予約時のオプションとして、美ら海水族館の割引前売り券を販売しています。価格帯は道の駅許田と同水準（1,850円〜1,900円程度）に設定されていることが多く、空港から車を借りてそのまま目的地へ直行できるため、途中下車のタイムロスを省ける大きなメリットがあります。
また、個人手配ではなく那覇発の定期観光バスツアー（美ら海水族館＋古宇利島＋万座毛など）を利用する場合、往復交通費、高速料金、水族館入場料がすべてパッケージ化されており、大人1名あたり6,000円〜7,500円前後に設定されています。レンタカー代の高騰や慣れない沖縄の運転ストレス、ガソリン代を考慮すると、少人数やペーパードライバーにとってはバスツアー経由のセット割が最も費用対効果の高い選択肢になり得ます。
