アニメ版（全3期・全127話）と原作漫画では、終盤の展開や設定にいくつかの大きな差異が存在します。
アニメ第2期『しゅごキャラ!! どきっ』ではアニメオリジナルキャラクターのルル・ド・モルセールが登場し、「？たま（はてなたま）」を巡る独自のドラマが展開されました。また、第3期『しゅごキャラ！ パーティ！』は実写バラエティパートを交えたショートアニメ形式となり、原作の複雑な心理描写やひかるの過去編が大幅に簡略化された経緯があります。
当時ファンの間で「アニメが打ち切りになったのではないか」と囁かれた背景には、この第3期のフォーマット変更と、原作の完結前にアニメ放送が終了したタイムラグがありました。しかし実際には、原作のストーリーラインが『なかよし』本誌でしっかりと描き切られており、不人気による打ち切りという事実は一切ありません。
