富士山静岡空港を語る上で避けて通れない最大のミステリーが、新幹線新駅構想の真相です。この空港の滑走路直下には、偶然にも日本の大動脈であるJR東海道新幹線のトンネル（牧之原トンネル）が貫通しています。「空港の地下に新幹線が通っているなら、そこに駅を作れば羽田やセントレアに匹敵する世界最高レベルの直結空港になるのではないか」という議論は、開港前から静岡県政を中心に熱狂的に叫ばれてきました。
しかし、JR東海側の回答は一貫して極めて冷ややかです。取材に応じた交通政策アナリストは、次のように構造的限界を指摘します。「東海道新幹線は現在、1時間あたり最大17本という超過密ダイヤで運行されています。静岡空港地下に新駅を新設した場合、待避線の建設に巨額の費用（推定数百億円規模）がかかるだけでなく、『のぞみ』の追いつきを避けるダイヤ編成が物理的に破綻します。数分刻みの過密運行を維持したいJR東海にとって、採算性の見込めない請願駅を受け入れるメリットは皆無に等しいのが実情です」。
さらに、静岡県知事の交代劇やリニア中央新幹線を巡る政治的駆け引きの過程でも新駅構想は揺れ動きましたが、2026年現在も「建設に向けた具体的な合意形成」には至っていません。空港利用者の大半がこの構想の実現を待つことなく、既存のアクセス手段を前提とした賢い利用法へとシフトしています。
