水耕栽培を成功させるエンジンとなるのが「肥料」と「光」のコントロールです。ここで一般的な土耕用の園芸肥料（例：青い液体のハイポネックス原液など）を使うのは厳禁です。土耕用肥料は土壌微生物による分解を前提としているほか、水耕栽培に不可欠な微量要素（カルシウムや鉄分など）が単体では不足しており、生育不良や根焼けを招きます。
業界標準として推奨されるのが、水耕栽培専用肥料の金字塔である「ハイポニカ液体肥料（A液・B液）」です。投入にあたってはハイポニカ液体肥料希釈倍率の厳格な管理が求められます。メーカー標準仕様は「水に対してA液・B液を各500倍（水1Lに対して各2ml）」ですが、発芽直後から本葉2〜3組が出るまでの幼苗期は、浸透圧によるストレスを避けるため1000倍希釈からスタートするのが現場の知恵です。植物体が大きく育ち、吸水スピードが上がる初夏以降に規定の500倍へとステップアップさせます。
室内環境で多くの栽培者を悩ませるのが、茎ばかりがヒョロヒョロと間延びして倒れてしまう現象です。この水耕栽培徒長を防ぐ日当たり条件として、南向きの窓際であってもガラス越しの光量は屋外の半分以下に低下している事実を認識しなければなりません。窓辺の自然光だけに頼ると、梅雨時や曇天が続いた際に光合成不足で即座に徒長します。
安定収穫を狙うなら、室内LED水耕栽培ライトおすすめ機種の導入が確実です。植物育成用として設計された波長450nm（青）と660nm（赤）を含む高演色（Ra95以上）フルスペクトルLEDを選び、葉先から15〜20cmの至近距離で1日12〜14時間照射します。近年の育成ライトはインテリアを邪魔しない自然な白色光が主流となっており、リビングの美観を損ねる心配もありません。
また、風通しのない室内で乾燥が続くと爆発的に発生するのが微小害虫です。薬剤を使わないしそハダニ駆除予防法としては、毎日の葉水（スプレーボトルで葉の表裏に微細な霧吹きをする作業）が最も有効です。ハダニは乾燥した閉鎖空間を好み、水滴に極めて弱い生態を持っています。もし葉の表面に白いかすり状の斑点が現れたら、即座に水道水で葉裏を優しく洗い流すか、食品成分由来の粘着スプレー（重曹油乳剤など）で窒息包囲する物理的防除を行いましょう。
