私立の医療系大学に進学する際、最大の懸念事項となるのが学費です。東京保健医療専門職大学の初年度納入金は約170万〜180万円、4年間の総額では約650万〜700万円前後（実習費・諸会費含む）となり、私立リハビリ系大学の全国平均相場と同等の水準に設定されています。
経済的負担を軽減するための東京保健医療専門職大学の学費免除・減免制度としては、主に以下のセーフティネットが存在します。
- 国の高等教育の修学支援新制度：住民税非課税世帯およびそれに準ずる世帯を対象とした授業料・入学金の減免および給付型奨学金の支給対象校に認定されています。
- 敬心学園独自の特待生・奨学金制度：入試成績優秀者に対する授業料減免制度や、学園グループ独自の無利子貸与奨学金が整備されています。
- 病院・医療法人の修学資金貸与制度：卒業後に指定の医療機関へ一定期間（通常3〜5年）勤務することで返還が全額免除される病院独自の奨学金と提携しており、これを活用して実質的な自己負担を大幅に抑えて通学する学生も少なくありません。
