フォローアップミルクの導入にあたっては、メリットだけでなく潜んでいるデメリットや運用上の盲点にも目を向ける必要があります。
最も注意すべき盲点は、「フォローアップミルクの飲み過ぎによる離乳食の食べ渋り」です。フォローアップミルクは牛乳ベースで腹持ちが良いため、食前や間食に多量に与えてしまうと満腹になり、肝心の離乳食を食べなくなるという本末転倒な事態に陥ります。日本小児科学会の専門医らも、1歳以降の乳幼児がミルクや牛乳でお腹を満たしてしまい、固形物を食べずに重度の貧血を起こす「牛乳貧血（ミルク貧血）」のリスクに警鐘を鳴らしています。
また、「飲ませ方（哺乳瓶かコップか）」のタイミングも重要な論点です。フォローアップミルクを哺乳瓶でダラダラと長期間飲ませ続けると、虫歯（乳幼児早期う蝕）のリスクが高まるほか、口腔周囲の筋肉や咀嚼機能の発達を遅らせる要因になります。フォローアップミルクを導入する際は、哺乳瓶を卒業し、ストローマグやコップ飲みの練習を兼ねて提供するのが鉄則です。
