客席の構造は大きく「アリーナ席」と「スタンド席」の2層に分かれます。日本ガイシホールの座席表（アリーナ）は、メインステージ正面にブロックが並ぶ標準的なエンドステージ型、中央にステージを設けるセンターステージ型、あるいはメインからバックステージへ花道が伸びる型など、公演ごとに大きくレイアウトが変化します。
アリーナ席の最大の魅力はステージとの圧倒的な距離の近さですが、フロアに段差がない平坦な設計であるため、後方列（概ね40列目以降やすり鉢の端付近）では前の観客の身長によって視界が遮られやすいという側面も持ち合わせます。一方、日本ガイシホールスタンド席の見え方については、2階・3階席であっても傾斜がしっかりと確保されているため、「前の人の頭で見えない」というストレスが極めて少ない点が評価されています。
スタンド席の配置はアルファベット表記（A〜Pブロック等）で全周を囲むレイアウトとなっており、アリーナ後方の埋もれ席よりも「スタンド前列（実質最前ブロック）のほうが双眼鏡なしでもクリアに見渡せる」という声が現場の常連ファンの間では共通認識となっています。ただし、メインステージの真横に位置するスタンド席（いわゆる見切れ席・サイドバック席）の場合は、大型ビジョンの一部や舞台奥のセットが遮られるリスクがあるため、視界重視派は注意が必要です。
