ネット上の掲示板やSNSで定期的にトレンド入りするのが「機種変更したらauメール 過去メール 移行ができておらず全滅した」という悲痛な叫びです。しかし、結論から言うと過去のメールデータは消滅していません。
現在のauメールは「IMAP方式(クラウドサーバー同期型)」を採用しています。端末内に直接メールファイルを保存していた大昔のガラケー時代とは異なり、送受信メールの実体はauの堅牢なクラウドサーバー上に残されています。プロファイル設定を正しく完了させてメールアプリを開き、サーバーとの通信同期が走れば、過去数年分の送受信履歴が一気に再表示されます。
「メールが消えた」と感じる正体は、単に端末とサーバーを繋ぐ認証のパイプが繋がっていないだけの状態です。慌てて端末を初期化したり、アカウントを手動で無理やり手動設定(POP設定等)しようとすると、かえって設定が複雑化するため注意してください。