国立科学博物館や各地の埋蔵文化財センターが蓄積してきた人骨計測データによると、縄文時代（後期・晩期を中心とする成体人骨群）における縄文人 平均身長 男性は約157cm〜158cm、縄文人 平均身長 女性は約147cm〜148cmと算出されています。文部科学省の学校保健統計や厚生労働省の国民健康・栄養調査が示す現代日本人（20代〜40代成人男性で約171cm、女性で約158cm）と比較すると、男性で約13cm、女性で約10〜11cmほど小柄です。
現代の感覚からすると「かなり背が低い」と映る数値ですが、時代ごとの推移を俯瞰すると見え方は一変します。日本の歴史上、平均身長が最も縮んだのは江戸時代中期から後期にかけてであり、当時の男性平均は155cm前後にまで落ち込んでいました。つまり、縄文人 現代人 身長 比較を行うと現代よりは明確に低いものの、近世の江戸町民と比べればむしろ縄文人のほうが大柄、あるいは同等以上の体躯を誇っていた事実が浮き彫りになります。
発掘調査を担う自然人類学の研究者らは「長骨（大腿骨や脛骨）の絶対長だけを見ると小柄だが、骨の太さや関節面の面積は現代人よりも遥かに頑丈である」と口を揃えます。単なる縮小コピーではなく、全く異なる身体プロポーションを持っていた点こそが、縄文人の形態学的特徴です。
