仲井真中学校を語る上で欠かせないのが、全国レベルの実績を誇る陸上・駅伝部をはじめとする部活動の圧倒的な熱量と組織力です。沖縄県大会を制覇し、九州大会や全国中学校駅伝大会へと駒を進める常連校として、その名は県内外に広く知れ渡っています。
特筆すべきは、同校の卒業生であり、大学陸上界の名門・國學院大學で主将を務め箱根駅伝の舞台で活躍した上原琉翔（うえはら りゅうと）選手（2019年卒）のようなトップアスリートを継続的に輩出している育成システムです。上原選手が母校の後輩たちに寄せた「九州大会、全国大会出場おめでとうございます。仲井真の誇りを胸に駆け抜けてほしい」という激励メッセージは、今も部員たちの大きな精神的支柱となっています。
陸上競技だけでなく、バドミントンや女子バレー、サッカー、吹奏楽なども活発に活動しており、限られた練習時間の中で集中して成果を出すタイムマネジメントが伝統として継承されています。部活動に打ち込みながらも放課後の補習や自習室を活用する生徒が多く、「部活動を通じて培った忍耐力と集中力が高校受験のラストスパートで生きる」というサイクルが確立されています。
