1999年の山形新幹線山形—新庄間延伸開業に伴い、旧奥羽本線の蟹沢（かにさわ）駅を移転・新設する形で誕生したのがこの駅です。当時としては全国的にも珍しかった果物名を冠したさくらんぼ東根駅の駅名由来は、生産量日本一を誇る東根市の主力品種「佐藤錦」の発祥地としての誇りと、全国へ向けた強力なシティプロモーションの意志が込められています。単なる記号的な駅名にとどまらず、地域ブランディングと交通インフラの統合に成功した先駆例といえます。
駅舎は近代的な橋上構造となっており、東西の自由通路が地域コミュニティの動線としても機能しています。山形新幹線 つばさに乗車すれば東京駅から乗り換えなしで約2時間50分台で直結し、山形空港（おいしい山形空港）への車でのアクセスも約10分という抜群の立地です。観光周遊の起点であると同時に、内閣府主導の地方創生事業や企業のサテライト拠点誘致を背景としたビジネス利用の増加など、多層的な役割を担っています。
