ウォンカチョコが日本の店頭から消えた最大の要因は、商品の不人気や赤字ではありません。発端となったのは、製造・販売元であったスイスの食品大手ネスレが断行した、世界規模での事業ポートフォリオ再編です。
ネスレは2018年、健康・栄養・ウェルネス分野への注力を目的に、ネスレ アメリカ菓子部門 撤退を決定。同事業を約28億ドル（当時のレートで約3,100億円）でイタリアの製菓大手フェレロ社へ売却しました。このフェレロ 菓子事業売却に伴い、ウォンカブランドのグローバルな商標権や製造ライセンスもすべてフェレロ側へ移行することになったのです。
日本国内市場においては、毎年冬季限定商品として安定した人気と高い利益率を誇っていたものの、親会社の国際的な権利移譲に伴い、日本国内でも継続して製造することが不可能となりました。その結果、2018年秋にネスレ日本 製造終了が正式にアナウンスされ、2019年8月をもって国内での出荷・流通が完全に終了するという幕引きを迎えました。
