手作りガリは高い防腐作用を持つ酢と砂糖で漬け込まれるため、正しい手順で仕込めば非常に優れた保存性を誇ります。
清潔に煮沸消毒(またはアルコール消毒)したガラス瓶を使用し、生姜が完全に甘酢の液面下に沈んでいる状態を保っていれば、冷蔵庫内で半年〜約1年間の長期保存が可能です。常温保存は酸化や風味の劣化、カビの発生リスクを高めるため、必ず冷蔵庫のチルド室や野菜室で保管してください。
数ヶ月保存しているうちにピンク色が抜けて茶色っぽく変色する現象が見られることがありますが、これはアントシアニン色素の経時的な分解と、生姜に含まれる微量な鉄分やポリフェノールの酸化が原因です。変色を防ぐためには、金属製のスプーンを避け木製や清潔な箸を使用すること、空気との接触面積を減らすためにラップを液面に密着させてからフタを閉める「落としラップ」が効果的です。