沖縄旅行で突発的なスコールや雨天に見舞われた際、救世主となるのが園内中央に位置する「ワンダーミュージアム」です。地下1階から2階まで広がる館内は完全空調が完備された屋内施設となっており、天候に左右されず快適に過ごすことができます。
「理解する（Understand）」の奥にある「驚き・不思議（Wonder）」をテーマにしたこの施設は、見るだけの博物館とは一線を画します。光や音、影、風の物理現象を使った体験型インスタレーションや、木工・電子クラフトが楽しめるワークショップゾーンが所狭しと並びます。
「触ってはいけない」展示が一般的な博物館と異なり、子ども自身の手でボタンを押し、ボールを転がし、体を動かして試行錯誤できる「ハンズオン（体験型）設計」が徹底されています。幼児から小学生高学年まで夢中になれる仕掛けが満載で、雨の日でも滞在所要時間2〜3時間があっという間に過ぎてしまうほどの充実度を誇ります。
