製造ラインを2階の見学者通路から見下ろした先にあるのが、館内2階に併設された「うなぎパイカフェ」です。ここでは全国の催事や通常の菓子店では決して味わえない、工場直営ならではのアレンジスイーツが展開されています。
特に注文率が高いうなぎパイカフェの限定メニューが、「うなぎパイのミルフィーユ仕立て」です。幾重にも折り重なるサクサクのうなぎパイの間に、自家製カスタードクリームや季節のフルーツ（静岡県産クラウンメロンやイチゴなど）を贅沢にサンドした一皿は、スイーツ愛好家の間でも高い評価を得ています。さらに、アイスとジェラートを盛り合わせた「うなぎパイパフェ」や、和風の出汁仕立てを模した遊び心あふれるメニューなど、うなぎパイのポテンシャルを再発見できるラインナップが並びます。
また、旅程の観点から特筆すべきは、浜松観光における雨の日の受け皿としての強さです。浜松エリアの主要観光スポット（浜名湖周辺のアクティビティやフラワーパーク等）は屋外型が多いため、降雨時には旅程の再構成を迫られます。その点、うなぎパイファクトリーはエントランスから製造見学通路、カフェ、ショップまでがすべてワンフロア＋エレベーター完備の完全屋内構造となっています。天候による体験価値の低下が一切ないため、雨天の避難先としても極めて優秀なスポットといえます。
